LIZDA augstākā lēmējinstitūcija ir Kongress, kas tiek sasaukta katru piekto gadu.
Kongresā ar balsstiesībām piedalās teritoriālo arodorganizāciju, arodorganizāciju apvienību un institūciju arodorganizāciju ievēlēti delegāti. Par balsstiesīgiem Kongresa delegātiem tiek atzīti arī LIZDA priekšsēdētājs, vietnieks un Revīzijas komisijas priekšsēdētājs.
LIZDA Kongresa kompetencē ir visi LIZDA darbības jautājumi un galvenie uzdevumi:
- apstiprināt arodbiedrības Statūtus un darbības programmu un veikt tajos grozījumus;
- apstiprināt Revīzijas komisijas nolikumu un veikt tajos grozījumus;
- apstiprināt LIZDA Padomi;
- ievēlēt arodbiedrības priekšsēdētāju, vietnieku, Revīzijas komisiju un tās priekšsēdētāju;
- pieņemt lēmumu par nozares arodbiedrības izveidošanu, pārveidošanu vai darbības izbeigšanu;
- apspriest un izlemt citus svarīgus arodbiedrības darbības jautājumus.
Kongresa lēmumi ir saistoši visiem arodbiedrības biedriem un visām arodbiedrības struktūrvienībām.